当程序违法的案件被发现时，根据中国法律的相关规定，处理方式通常包括以下几点：
撤销或部分撤销判决：
法院可以判决撤销或部分撤销违反法定程序的具体行政行为。
重新作出具体行政行为：
如果法院撤销了原行政行为，它可以判决被告重新作出具体行政行为。重要的是，被告在重新作出具体行政行为时，不得使用与原具体行政行为相同的事实和理由。
行政复议：
当事人也可以选择申请行政复议，行政复议机关在发现程序违法的情况下，可以撤销或变更行政行为。
内部处理：
对于法官程序违法，一般采取的措施是发回重审，法官在法院内部接受相应的处罚。
法律依据：
这些处理方式依据《行政处罚法》、《行政许可法》、《行政强制法》和《行政复议法》等相关法律法规。
重新鉴定：
在特定情况下，如涉及鉴定程序违法，法院可以判决重新鉴定。
这些措施旨在确保行政行为的合法性、公正性，并保护当事人的合法权益。
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