招标代理公司的收费方式主要采用差额定率累进法，具体收费标准如下：
一般情况
招标代理服务收费按差额定率累进法计算。收费标准按本办法附件规定执行，上下浮动幅度不超过20%。
收费限额
工程类项目收费最高限额为450万元。
货物类项目收费最高限额为350万元。
服务类项目收费最高限额为300万元。
单独编制招标文件
单独提供编制招标文件（有标底的含标底）服务的，可按规定标准的30%计收。
不同中标金额的收费标准
100万元以下：
货物招标：1.5%
工程招标：1%
服务招标：1.5%
100-500万元：
货物招标：1.1%
服务招标：0.8%
工程招标：0.7%
500-1000万元：
货物招标：0.8%
服务招标：0.45%
工程招标：0.55%
1000-5000万元：
货物招标：0.5%
服务招标：0.25%
工程招标：0.35%
5000-10000万元：
货物招标：0.25%
服务招标：0.1%
工程招标：0.2%
10000-100000万元：
货物招标：0.05%
服务招标：0.05%
工程招标：0.05%
1000000万元以上：
货物招标：0.01%
服务招标：0.01%
工程招标：0.01%
建议
招标代理公司在制定收费标准时，应严格遵守相关法律法规，并在规定的收费标准和浮动幅度内与招标委托人协商确定具体收费额。
招标代理机构应提供透明、合理的收费方案，确保收费公平、公正，避免因收费问题影响招标过程的公正性和透明度。
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