章程是 公司内部治理的纲领性文件，具体区别如下：
性质和目的
公司章程：是公司设立时依法制定的，载明公司名称、经营范围、注册资本、股东及其出资、公司机构及其产生办法、职权、议事规则等基本事项的必备文件。它不仅是股东之间的协议，同时也是公司对外公示的基本文件，具有法律约束力。
股东协议：是有限责任公司股东之间就股东权利义务、公司经营管理、职责分工及其他事项等经协商一致所订立的协议，具备合同属性，对于共同签署股东协议的股东均具有约束力。
修改方式
公司章程：修改公司章程需要经过股东会或股东大会做出决议，并且需要修改后重新备案。
股东协议：修改股东协议通常需要所有签署股东的一致同意，无需经过公司登记机关备案或对外公示。
法律依据和公开性
公司章程：根据《中华人民共和国公司法》制定，必须对外公示，第三人可以从公司登记机关依法获取公司章程。
股东协议：属于股东之间的内部约定，无须向公司登记机关备案或对外公示，若协议约定保密内容，签约股东需要对协议进行保密，第三人不能从公司登记机关获取该协议。
内容
公司章程：主要涉及公司的基本架构、管理方式、股东权利和义务等，强调公司的整体利益和社会公共利益。
股东协议：主要涉及股东之间的具体权利和义务安排，如股东分工、出资责任、进入退出机制、岗位安排等，更强调保护股东的私人利益。
总结：
公司章程和股东协议虽然都是股东之间的文件，但它们在性质、目的、修改方式和法律依据等方面存在明显的区别。公司章程是公司设立和运营的必备文件，具有法律约束力，并且需要对外公示；而股东协议是股东之间的内部约定，主要涉及股东之间的具体权利和义务安排，无需对外公示。
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